会計事務所の就職や転職において、大学院での税理士試験科目免除は残念ながら不利になります。具体的には、大学院免除者を採用しない会計事務所があるため、受験できる会計事務所が少なくなったり、似たような実務経験を持つ他の応募者と比較された際、免除者よりも試験での科目合格者が優先的に採用される可能性が高くなります。そのため、基本的には大学院での科目免除は避けたほうが良いでしょう。

なお、やむを得ない理由で大学院免除を選択する場合は、下記の2点を意識しておくと良いでしょう。

1. 税法科目免除ではなく会計科目免除を選択する（税法科目を試験合格しているとまだ評価はされやすい）
2. 税法科目免除を選択する場合は、法人税法など評価の高い科目を試験で選択する